Theo Quyết định 898/QĐ-BXD về việc công bố thủ tục hành chính được sửa đổi, bổ sung trong lĩnh vực quy hoạch đô thị và nông thôn thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ Xây dựng, hệ thống các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Xây dựng bao gồm 30 cơ sở, bao phủ rộng khắp các lĩnh vực từ nghiên cứu khoa học chuyên sâu, đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho đến quản lý dự án chuyên ngành. Hệ thống này bao gồm các viện nghiên cứu đầu ngành, các trường đại học, cao đẳng và ban quản lý dự án trọng điểm.
Cụ thể,nhóm các tổ chức nghiên cứu khoa học và xuất bản gồm có:Viện Khoa học và công nghệ giao thông vận tải; Viện Khoa học công nghệ xây dựng; Viện Vật liệu xây dựng; Viện Kinh tế xây dựng; Viện Quy hoạch đô thị và nông thôn quốc gia; Viện Kiến trúc quốc gia; Nhà xuất bản Xây dựng; Trung tâm Y tế - Môi trường lao động Xây dựng.
Nhóm các cơ sở giáo dục đại học và giáo dục nghề nghiệp bao gồm:Học viện Hàng không Việt Nam; Trường Đại học Hàng hải Việt Nam; Trường Đại học Giao thông vận tải TP. Hồ Chí Minh; Trường Đại học Công nghệ giao thông vận tải; Trường Đại học Kiến trúc Hà Nội; Trường Đại học Kiến trúc TP. Hồ Chí Minh; Trường Đại học Xây dựng miền Trung; Trường Đại học Xây dựng miền Tây. Cùng với đó là hệ thống các trường đào tạo nghề gồm: Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương I; Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương II; Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương III; Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương IV và Trường Cao đẳng Giao thông vận tải Trung ương V.
Nhóm các cơ quan quản lý chuyên ngành gồm 9 Ban Quản lý dự án (QLDA):Ban QLDA đường Hồ Chí Minh; Ban QLDA Thăng Long; Ban QLDA 2; Ban QLDA 7; Ban QLDA 85; Ban QLDA Hàng hải và Đường thủy; Ban QLDA Đường sắt; Ban QLDA Mỹ Thuận; Ban QLDA Đầu tư xây dựng chuyên ngành - Bộ Xây dựng.
Bên cạnh việc xác định danh sách các đơn vị trực thuộc, Quyết định số 1038/QĐ-TTg cũng quy định rõ phương án xử lý chuyển tiếp đối với một số đơn vị sự nghiệp công lập nhằm phù hợp với quy hoạch mạng lưới và địa bàn hoạt động. Cụ thể, Trường Cao đẳng nghề Lilama 1 và Trung tâm Điều dưỡng - Phục hồi chức năng Sầm Sơn là hai đơn vị thuộc diện chuyển giao nguyên trạng về địa phương quản lý.
Trong giai đoạn chuyển tiếp, hai đơn vị nêu trên tiếp tục duy trì ổn định mọi hoạt động thường xuyên. Bộ Xây dựng có trách nhiệm bố trí đầy đủ kinh phí hoạt động trong dự toán ngân sách Nhà nước của Bộ cho các đơn vị này, bảo đảm không làm gián đoạn nhiệm vụ chuyên môn và quyền lợi của người lao động cho đến khi hoàn thành công tác bàn giao.
Về tổ chức thực hiện, Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Xây dựng chủ trì, chịu trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với các bộ, ngành, cơ quan có liên quan và Ủy ban nhân dân các tỉnh Ninh Bình, Thanh Hóa là những địa phương nơi đặt trụ sở chính của các đơn vị, để tập trung triển khai các thủ tục. Việc thực hiện chuyển giao nguyên trạng Trường Cao đẳng nghề Lilama 1 và Trung tâm Điều dưỡng - Phục hồi chức năng Sầm Sơn về cho Ủy ban nhân dân các tỉnh quản lý phải được tiến hành khẩn trương, bảo đảm đúng quy định pháp luật và hoàn thành toàn bộ trước ngày 31/12/2026.
Quyết định số 1038/QĐ-TTg có hiệu lực thi hành kể từ ngày 11/6/2026. Văn bản này chính thức thay thế hai văn bản đã ban hành trước đây, bao gồm: Quyết định số 181/QĐ-TTg ngày 19/2/2024 của Thủ tướng Chính phủ ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Giao thông vận tải và Quyết định số 996/QĐ-TTg ngày 25/8/2023 của Thủ tướng Chính phủ ban hành danh sách các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Xây dựng.
